Bonjour,
La Shapeoko est une machine légère, donc je soupçonne comme Tranquille un rattrapage de jeu, voire une torsion due à un manque de rigidité de la machine ou de l'entraînement par courroies. Utiliser une fraise en bon état et adaptée, c'est à dire de la fraise à bois de préférence. 3 est le diamètre mini que j'ai trouvé (mais je n'ai jamais recherché plus fin non plus). Je ne sais pas en revanche si c'est facile à trouver en tant que particulier. Si Tryphon974 a validé des petites fraises diamantées, pourquoi pas.
Pour le CP, le mieux est de commencer par une passe peu profonde en hélice négative. Cela permet de ne pas écailler la couverture supérieure et la faible profondeur ne contrarie pas l'évacuation des copeaux. Terminer ensuite par une hélice positive, qui permettra l'évacuation des copeaux et évitera les écailles au débouché dans la face inférieure.
C'est vrai sur toutes les machines, mais encore plus sur une machine légère: si le logiciel de FAO le permet, soigner les entrées matière pour qu'elles soient les plus douces possible. Jouer sur les paramètres de rampe, de vitesse ou autre disponibles pour limiter les contraintes à l'entrée.
D'un contreplaqué à l'autre (hêtre, bouleau, okoumé, peuplier), les contraintes sont très différentes. Si possible, éviter le hêtre et le bouleau sur une machine légère, ça ne pourra aller que dans le bon sens.
Je ne me prononce pas sur les paramètres de coupe, celles que j'utilise n'ont rien à voir (machine rigide, grande avance, fraises plus grosses).