OK, ce n'est pas une variation en XY mais en Z, je comprends mieux.
Pour la hauteur, c'est compréhensible et je ne suis pas sur qu'un traitement plus rapide améliore grandement. Classiquement, sur les prises de repères, on fait une approche rapide (pas si rapide que ça) et on affine avec un recul et une approche lente.
Je suppose que dans ton cas, il n'y a pas la 2ème phase et que c'est un contact "dur" entre une pointe et la surface du PCB, tout ce qu'il faut pour générer une contrainte qui va se libérer façon ressort.
Au niveau de la vis trapézoïdale, le système anti-backlash n'est pas puissant pour contrer vraiment un effort ascendant. Pour améliorer le fonctionnement, il faudrait réduire drastiquement la vitesse de la prise de mesure, pour avoir un arrêt le plus net possible.