Je grave aussi mes PCB à la fraiseuse.
Après pas mal d'aller/retour, j'ai fini par me stabiliser sur le couple Eagle/pcbgcode... je peux témoigner, ça marche très bien, même si au global ce n'est pas un processus "fichier>imprimer". Il faut se plonger dedans...
De façon général, le g-code est une norme "faible". Il y a un vague tronc commun, et puis chaque éditeur/constructeur rajoute (enlève) ce dont il (n')a (pas) besoin....
Du coup, mon conseil de façon général, c'est qu'on rencontre le minimum d'ennui quand on utilise une chaine d'outil connue pour fonctionner ensemble.
Tu fais peut être partie des rares qui utilisent le trio flatcam / simplegcode / je-sais-pas-quel-firmware-arduino
(D'ailleurs, c'est probablement le firmware arduino qui est en cause, plus que simplegcode, c'est lui qui interprète chaque ligne de gcode, pas simplegcode qui ne fait qu'envoyer ligne à ligne...)
Soit tu veux conserver cette chaine, et tu corrige le gcode à la semi-mano. Aide toi de notepad++ si nécéssaire, pour faire des rechercher/remplacer intelligents. Du genre remplacer Y par ' Y'
Soit tu garde flatcam, tu identifie qui ne supporte pas l'espace manquant entre simplegocde et le firmware, et tu remplace par autre chose =>
fais un tour sur
http://reprap.org/wiki/Firmware
ou l'option PC + linuxcnc (que j'affectionne bien au final, malgré la lourdeur d'avoir un pc pour ça, linuxcnc sait faire des choses que les arduino-based ne savent pas faire (faut dire qu'ils ont été pensés pour l'impression))
Soit tu vire flatcam....