Je ne comprends pas bien la question/problème.
Freecad, je connais au moins un peu, je pratique.
Les STL me servent pour de l'impression 3D, jusque là ça va.
Convertir du 3D en fichier(s) plat(s) pour une découpe/gravure laser. Je ne vois pas la finalité.
J'imagine, une succession de découpes représentant chacune une "certaine" épaisseur de fichier 3D pour récréer un volume sous forme de strates ?
Dans ceux que je connais et utilise.
Netfab sait découper un fichier STL.
Openscad serait plus adapté pour générer des fichiers DXF correspondant à une projection d'une coupe à une certaine hauteur. Je le fais en manuel pour 1 ou 2 plans de coupe. Pour un nombre plus important, un peu de programmation rendrait l'opération moins laborieuse.