Dans ce que je comprends, il y a un double problème :
1) Traiter le bois sain pour qu'il ne se détériore pas
2) le bois qui moisi dont tu ne connais pas la profondeur et l'étendue ?
L'humidité n'est généralement pas un problème pour le stockage bois, on conserve d'ailleurs certains bois en les immergeant. La mauvaise ventilation, elle apporte probablement de bien mauvaise chose.
Ensuite si ton bois est humide, il bougera beaucoup une fois en place (au sec). C'est pour cela que parfois, l'on stocke le bois dans la pièce finale avant de le travailler ....
Si les pièces sont petites, tu peux mettre de la parafine. Maintenant si ce sont des grandes planches, pas simple car cela dépends aussi de la finition que tu envisages.
Un traitement de surface (genre lasure translucide ou anti-fongique => Dépend de ta finition) ne devrait pas gêner, car lors de l'assemblage, tu devras ajuster (scie, rabot ...) et dans ce cas le collage restera correct.
Maintenant aère ton bois rapidement (à l'ombre), cela limitera la casse....
Avec aussi peu d'élément, il n'est pas facile de te répondre.
JP